Según un informe del Departamento Agrario de Costa Rica, las enfermedades y plagas de las plantas de café son variadas. Entre las plagas que atacan las raíces se encuentran las palomillas, escamas y nematodos, el tallo y las ramas son afectados por los cortadores y taladradores, mientras que las hojas son dañadas por los cortadores y chupadores y algunos frutos, por la broca. La broca del café es un insecto pequeño, responsable del mayor daño en los cultivos de café, a nivel mundial y el que más preocupación ocasiona a los productores, ya que puede hacerles perder la cosecha completa. Las plagas de las hojas son más habituales en épocas de sequía, en tanto que las de las raíces, ocurren en épocas de lluvias. Las plantas jóvenes están más expuestas a las escamas, al igual que los cafés arábicos, que por otra parte, también son más propensos a palomillas y nematodos.
Entre las enfermedades, las más graves son: la roya, cercospora, llaga negra, antracnosis, phoma, y otras como ojo de gallo y mal de hilachas que están ligadas a las condiciones ambientales. En definitiva, las plagas e insectos más importantes que atacan las plantas del café son la escama verde, la escama coma, la escama globosa, la escama algodonosa y la chinche harinosa. También el cortador o rosquillo, los bachacos, las palomillas, los nematodos y el minador, que es la larva de una mariposa pequeña, que ataca las hojas.
Cabe destacar además, que el uso de productos químicos en los controles fitosanitarios rompe el equilibrio biológico del medio ambiente. Por otra parte, existen estudios que demuestran que el cultivo de café orgánico está menos propenso a contraer plagas y enfermedades. Las ventajas del café natural sin contaminantes no sólo son favorables para el medio ambiente, sino también para la salud de los consumidores, porque evita su exposición a pesticidas y fertilizantes inorgánicos, con el riesgo que estos pueden acarrear al organismo.