Uno de los más comunes efectos adversos de este alga es el dolor de cabeza, acompañado a veces por el dolor muscular, la sudoración excesiva, problemas en la concentración y también enrojecimiento. De todas formas, esto no necesariamente tiene por qué suceder. Se aconseja que no bien se sientan síntomas extraños a partir de su consumo, se suspenda el mismo.
Aquellas personas que padezcan de gota o fenilcetonuria no deben consumir alga espirulina. Es que contiene un aminoácido que puede llegar a causar una reacción adversa en tales casos.
También hay que tener precaución con el origen de las mismas, tratando de asegurarse que sean de buena calidad y de procedencia no dudosa. Es que algunos cultivos no (o mal) controlados pueden tener contaminaciones con metales y causar diarreas, vómitos, náuseas y problemas hepáticos.
Por su parte, si bien se estima que no existen conflictos entre una persona que está embarazada o en la lactancia y el consumo de espirulina, se aconseja consultar con el médico antes de consumirla.